发展规划处作为总体协调学校发展改革的行政部门，主要行使政策研究、规划管理、“双一流”与学科建设等职能，下设规划与政策研究办公室、“双一流”与学科建设办公室。

科技处负责学校科技规划与政策制度的制定，科研项目组织申报与管理，科研成果申报、评价与管理，科研基地、科研机构、科研团队统筹与监管，科研信息化建设，科技档案管理，高水平学术交流平台搭建，校学术委员会工作的组织协调，科研诚信宣教与管理，医学伦理审查与监管等。国家重点实验室筹备办公室挂靠科技处，负责国家重点实验室筹建相关工作。

期刊中心所属有《北京中医药大学学报》《中医教育》《现代中医临床》《中医科学杂志（英文）》4本期刊，均为教育部主管北京中医药大学主办的高水平中医药科技刊物。为提高期刊的信息化水平，4本期刊均采用了网上采编系统。期刊采编系统实现了从作者投稿到编辑收稿、外审专家审稿、主编签发、作者修稿、编辑加工、发排出版等全程网络管理，是科技期刊适应网络时代的新模式。